1、企業系統
主要是針對中小型企業而開發的網站系統。該種系統功能一般以簡單快捷，應用方便，結構簡約為主。可支持二次開發，支持多套模板切換，對管理員的專業知識要求不高。有代表性的如：深喉嚨企業網站系統，千博企業網站系統等等。其中深喉嚨企業網站系統是免費開源的Php網站系統，千博網站系統是商業化的企業網站系統。
2、論壇系統
論壇系統也是網站系統的一種，最著名的有discuz論壇系統，動易論壇系統等等。
3、購物平臺系統
隨著淘寶購物平臺在國內的爆發，購物平臺在國內也如雨后春筍般井噴。如騰訊的拍拍，百度的有啊等等。ecshop網購系統是目前很火的自助購物建站系統，架設的系統會加入客服等等，深受廣大建站人員的喜愛。
4、其他網站系統
其他網站系統如大型的門戶站系統，最早的有動易網站系統，風訊網站系統，PHPCMS，后起的有織夢CMS系統，帝國CMS系統。這類系統可支持二次開發，功能強大，但是結構復雜，要求門檻稍高。一般應用較多的是地方門戶類的新聞網站系統。